Marianne Frutiger-Linder ist 1977 in Brienz, im Berner Oberland, geboren. Bereits sehr früh erhielt sie bei ihrem Vater den ersten Flötenunterricht. Mit sechzehn Jahren konnte sie mit dem Flötenstudium bei Heidi Péter-Indermühle am Konservatorium in Bern beginnen, das sie mit dem Lehrdiplom abschloss. Danach studiert sie an der Musikhochschule in Zürich bei Philippe Racine und erhielt das Konzertdiplom mit Auszeichnung.

Marianne Frutiger-Linder besuchte internationale Meisterkurse bei Heidi Péter-Indermühle, Peter Lukas Graf und Emanuel Pahud in Rumänien, Italien und der Schweiz. Im Jahr 2000 wurde sie mit dem Studienpreis des Migros-Genossenschaftsbundes ausgezeichnet, 2002 gewann sie den Solistenwettbewerb der Kiefer-Hablitzel-Stiftung.

Sie absolvierte ein einjähriges Orchesterpraktikum im Symphonieorchester Biel-Bienne und spielt seither regelmässig als Aushilfe in verschiedenen Orchestern, wie dem Aargauer Kammerorchester, dem Symphonieorchester Biel-Bienne und der Südwestdeutschen Philharmonie Konstanz. Mit der historischen Traversflöte ist sie Mitglied des Busch Consort in Bern. Daneben tritt Marianne Frutiger-Linder häufig solistisch und kammermusikalisch auf. Als Solistin war sie unter anderem mit dem Neuen Zürcher Orchester und der Philharmonie in Sibiu (Rumänien) zu hören.

Marianne Frutiger-Linder unterrichtet an der Jugendmusikschule Winterthur.